Desde el primer momento, se debatió si los explosivos utilizados eran Titadine o Goma-2 ECO. Las implicaciones eran enormes, ya que se quiso asociar el primer tipo a un atentado cometido por ETA y la Goma-2 ECO a la autoría de un grupo islamista. En todos los escenarios secundarios (la furgoneta Kangoo, la Bolsa de Vallecas, el artefacto de Mocejón y el piso de Leganés) se encontraron pruebas que apuntarían a la Goma-2 ECO. Además, 100 Kilos de este compuesto se transportaron desde Mina Conchita (Asturias) a Madrid dos semanas antes de los atentados (extremo confirmado por los propios implicados, confidentes de las FF.CC.SS.AA.). Por contra, en el escenario principal no se encontraron dichos restos. No hubiera sido sencillo, dado que los trenes fueron rápidamente desguazados y que apenas llegaron unos gramos de muestra al precario laboratorio de análisis.